Os Sítios Arqueológicos da cidade, conhecidos por Sambaquis, palavra de origem indígena que significa tamba (concha) e ki (amontoado). São de grande importância em pesquisas científicas e são depósitos de vestígios de culturas antigas, contendo conchas, artefatos de trabalho, peças de cerâmica, ossos de animais e esqueletos humanos.

O povoamento pré-histórico de Saquarema iniciou-se há alguns milênios antes de Cristo. Por 3 mil anos populações humanas sucessivas percorreram o litoral de Saquarema e fixaram-se temporariamente nas proximidades da lagoa e do mar.

O município possui 22 sítios arqueológicos que constituem verdadeiros registros de povos que lá viveram há milênios atrás. Dezessete desses sítios foram destruídos pela especulação imobiliária, sem terem sido estudados pela ciência.

A Praça do Sambaqui da Beirada, em Barra Nova , a primeira exposição arqueológica do Brasil ,foi moradia de comunidades pré-históricas que viviam da pesca, coleta e da caça, e é possível ver vestígios de fogueira, restos alimentares, artefatos de pedra e três sepultamentos humanos e conchas cheias de corante vermelho a sua volta.

Os principais trabalhos de pesquisa sobre os sambaquis de Saquarema foram realizados pela professora Lina Knaipp, pesquisadora do Museu Histórico Nacional e associada da ADEJA - Associação de Defesa do Meio Ambiente de Jacarepiá. Alguns desses trabalhos estão à disposição para consultas, no acervo da ADEJA , juntamente com pesquisas sobre os indígenas que habitavam a mesma região.